La trama del gioco regge per 6 capitoli d'intensa azione, e inizia con Gina che viene gettata da Brian giù da quello che pare un elicottero, e, in realtà, è un dirigibile. Sin dalle prime scene possiamo ammirare il fantastico motore grafico di Runaway 2, con paesaggi disegnati interamente a mano, ma arricchiti da effetti computerizzati e da personaggi poligonali "mossi" in tempo reale... Il protagonista, Brian, è cambiato notevolmente: se nel primo episodio lo ricordavamo come una persona studiosa, timida e "chiusa", adesso rimaniamo sorpresi nel constatare che sembra "cresciuto", e "alla moda"... Che ci sia lo zampino di Gina dietro a questo cambiamento? Comunque, torniamo alla trama. Dopo la drammatica scena iniziale, che è già stata descritta, passiamo ad un momento di calma: Brian sta chattando con una vecchia amica, Sushi Douglas. (Ve la ricordate?) AAARGH! Chi ci capisce qualcosa? Semplice: si tratta di un Flash-Forward... Il protagonista racconta la sua avventura!